El proceso para integrar el Programa para el Manejo Integral del Agua en la Cuenca del Río San Juan estará basado en la realización de talleres participativos y reuniones de trabajo, de acuerdo a la siguiente metodología:
Integrar un diagnóstico sobre la problemática socio-ambiental de la cuenca que incida sobre el manejo del agua.
Identificar, de manera condensada, los problemas prioritarios en la cuenca así como las causas y efectos que los producen.
Establecer un conjunto de estrategias, objetivos, metas y acciones generales para cada uno de los problemas prioritarios identificados.
Identificar, proponer y priorizar proyectos específicos a partir de las acciones generales resultantes que cumplan las metas generales.
Generar la tabla maestra con la información de problemas prioritarios, objetivos, metas, acciones generales y proyectos específicos.
Establecer una batería de indicadores como elemento de verificación, evaluación y seguimiento del proceso.